針對目前民間、立委、行政院提出的7種「兩岸監督條例」版本，
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，參與新台灣國策智庫「兩岸監督條例草案解析」的學者19日比對不同版本指出，
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，「行政院版」監督機制跳脫WTO，
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，主權不夠明確化，
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，「尤美女版」審查程序又過於嚴謹，
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，恐變成「立法領導行政」局面；學者建議未來的監督條例應將各版本截長補短。
【政院版本缺主權】
經濟部長張家祝18日在APEC經貿部長會議後表示，
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，現行監督條例草案有台獨性質，中方「完全不能接受」。南華大學歐洲研究所助理教授王思為也特別就「國家定位」剖析，認為監督條例本身為純粹「國內法」，是國家行使主權的行為，但現在行政院版本以「台灣地區」和「大陸地區」指稱雙方，自行去掉國家主權的存在，顯然違憲。
王思為指出，若不想牽涉兩岸稱謂主權，其實應該使用憲法中明訂的「自由地區與大陸地區」作為稱謂，或使以去政治化的「兩岸」指稱。否則如同日前越南排華事件爆發後，立委檢討「台越投保協議」缺乏G2G（政府對政府）層次的求償保障；未來兩岸協議若有大規模損失時，政府難以提供代位求償。
【尤美女版恐朝小野大】
南台科技大學財經法律所助理教授羅承宗說，在尤美女版本中，協定協商前、中間過程、協商後，國會都有監督介入的空間。但羅承宗認為，尤美女版本恐造成立法院領導行政，形成立法院決策、行政院執行的「朝小野大」現象。
羅承宗也提到，其實在光譜兩端之間的民間各版本，都有可取之處。比方說鄭麗君版本中建議「由各黨團推派委員參與協議談判」，就不會形成執政黨指派自己人，導致監督淪為做做樣子。中研院副研究員廖福特也表示，在締約過程中，不同版本強調的公開原則、對等原則和人權原則其實並不衝突，取捨時應將三個原則共同涵蓋。
【回歸WTO爭端解決】
國立台北大學公共行政暨政策學系助理教授陳耀祥就「爭端解決機制」討論各版本表示，服貿協益依據兩岸經濟合作架構協議ECFA而來，但是ECFA不是完全適用WTO。如果無法回歸WTO 第三方裁決機制，未來發生爭議後，在雙方經濟差異大的情況下，台灣無法得到有效的救濟。【更多精采內容，詳見】，