國安會秘書長金溥聰上任後，
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，接連「視察」調查局及警政署等機關，
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，引發諸多質疑。國安會秘書長的權力不小，
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，金溥聰固然不必憂讒畏譏而綁手綁腳，
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，但動輒拿出扁政府時期的爭議做法為己辯護，
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，也有失外界對馬政府的期待。
根據國家安全會議組織法規定，
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，國家安全會議以總統為主席；國家安全會議秘書長「承總統之命，
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，依據國家安全會議之決議，
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，處理會務，並指揮、監督所屬職員」。換言之，國安會秘書長形同總統的幕僚長，法定職掌之「指揮、監督所屬職員」，應指國安會的職員及轄下的國安局；至於對軍、警、調，應僅限於與國安有關業務的統合指導與協調等工作。
針對這次外界質疑，國安單位澄清，指「新任國安會秘書長上任後，都有到各情報業管單位聽取簡報的慣例，性質也不是視察，而是瞭解業務」，外界亦可理解。不過，正由於國安業務極為敏感，受總統倚重的國安會秘書長又如總統「分身」，向軍、警、調等單位瞭解業務時，須格外謹慎，也不宜任意下達指令，乃至做出決策，才能避免外界的聯想與猜疑。
金溥聰接任國安會秘書長之初，即被拿來與陳水扁執政時的國安會秘書長邱義仁相提並論。當年，邱義仁曾兩度擔任國安會秘書長，既是總統在兩岸、外交方面的幕僚長，也是重大選舉操盤手，甚至曾喊出「割喉割到斷」，頗受爭議。
如今金溥聰的角色，亦被認為「一人之下，萬人之上」，且「金馬合體」的流言不斷。這次調任國安會秘書長，府方雖否認是為選舉操盤，但從金回國後不久即出現情治首長大調動，近日又傳出由他獻策啟動「後馬時代」接班布局。這些繪聲繪影的流言，令人聯想起，邱義仁在任時，曾被質疑透過國家公權力干預選舉，連當時國民黨主席馬英九都批評邱義仁「角色混淆」。
現在外界對金溥聰角色的質疑，馬政府應以法制化的做法回應釐清，而不是引用「扁執政時期邱義仁也有類似行為」來反擊。當年扁政府正是敗在居上位者的有權無責，恣意妄為。馬英九與金溥聰應取法乎上！，